2007年，饶毅回国，成为北大首位全球公开招聘的院长。2013年，饶毅主动卸任生科院院长，“尽其心，以事天”是饶毅的卸任辞。对于饶毅，公众更熟悉的是他大胆、犀利的言论。在饶毅看来，“担任行政职务要敢于公正做事；从事科学研究要有自己的风格品位”。
“温和的改革派”、“严谨的科学工作者”、“有担当的知识分子”、“批判性的建设者”，回国后，北京大学生命科学学院教授饶毅被贴上了很多标签。
“先公后私”。评价自己回国7年的工作，北京大学校务委员会副主任、生命科学学院原院长饶毅，不假思索地用了这个词。“体制改革是公事，而个人的科研含个人学术追求、个人兴趣等私人成分，个人利益更是私事。”饶毅说，“担任行政职务不能尸位素餐，要敢于公正做事；从事科学研究不必随大溜，要有自己的风格品位”。
回国者饶毅：秉公办事
2007年，美国西北大学医学院神经科讲席教授饶毅在旅美22年后回国，成为北京大学首位全球公开招聘的院长，引起了不小的反响，人们认为这是中国科技界吸引力增强的标志之一。有媒体将他和施一公（由普林斯顿大学回国任清华大学生命科学学院院长）的回国，与20世纪50年代钱学森、郭永怀的回国相提并论。
“中国引进我们，也是考虑我们有在国外既做过学生也做过老师的经历，能在体制建设上做一些事情。”饶毅这样定位自己回国的使命。
回国后，饶毅在校外不断呼吁并尝试改变中国的学术评价体系，重视和褒奖在我国一些单位作出杰出工作的科学工作者。
在校内，为了做到客观公正，饶毅邀请国际专家委员会参与评审重要的遴选、晋升等，为了充分发挥教授的作用，他建立多个由教授组成的委员会讨论学术交流、仪器经费、空间等活动和资源。饶毅每次都尊重委员会的决定，即使有时意见不同，也从未否决过委员会。“用委员会就得真用，而非粉饰。”饶毅说。
他注重全局。从校外争取的学术资源不局限生科院，而从符合学术发展要求的角度建立体系，支持的北大师生分布于生物、化学、心理、物理、分子医学、医学部等院系以及多家北大临床医院，推进学科交叉、基础与临床结合。
科研经费分配是一个敏感的话题，饶毅坚持秉公办事。饶毅任生科院院长时所获的“973”项目经费，大部分给了不属于生科院的心理系，今年将项目首席科学家交给心理系。饶毅争取到蛋白质平台经费，数以亿计，但他没从该平台拿一分钱。
饶毅和施一公在国家教育改革试点的要求下建立了“北大―清华生命科学联合中心”，饶毅负责的北大部分请物理系的定量生物学家汤超主持，在支持一批学者收入合理增加后，饶毅不从中心获个人收入。
先公后私的饶毅，为学校争取了不少校外学术资源，却没有改善自己的工作条件。甚至，今天的生科院大楼都没有饶毅的办公室。他的办公室和实验室分别在北大校园相隔甚远的东西两端。指导学生时，饶毅和学生们桌子挤着桌子，没有隔断，只能把书包放在桌脚边。饶毅每天像学生一样背着书包，骑自行车或搭公交车。
7年来，饶毅的实验室空间是目前生科院最小的之一。他的两间常规实验室还不在一起，其中一间在厕所隔壁，一间是盥洗室改的，都不好用。
“有空间自然先给其他人，天经地义。任院长时与学校只能讨论公事，不宜讨论自己的私事。”饶毅说。
饶毅坚持不用自己的权力为个人谋利益，其人品在北大得到广泛肯定，即使与饶毅意见不一致的人都公认饶毅为人正直、做事公正。北大师生对饶毅的尊重也丝毫不因他卸任院长而减少。
改革者饶毅：建立优良体制
建立优良体制，是饶毅的梦想。饶毅一直以院系的体制机制改革为核心，在推动科学体系改革、资源配置、教育与文化氛围培养等方面作出不懈努力。
“最重要的工作是建立新体制，在师资方面是引进、评价、审核、晋升教授等人员的体系，在学生方面是个体化教育体系。”饶毅说。建立合理的机制是其重点，选拔、支持研究和教学优秀的师生。
在生科院，人才选拔不论国内还是国外博士出身，学术至上。生科院聘请了一位国内博士，并多年支持他工作。他第一次去美国作学术报告后，麻省理工学院的教授决定送自己的学生到北大学习。“理科方面，麻省理工送学生到北大学习，以往很少见。”饶毅说，“只有敢于承担责任，才能选拔出好的人才。”
除了选拔好的人才，新进人才的职称改革是饶毅在生科院做的又一探索。
中国生命科学界近20年的基本情况是，在国外做过博士后，回国立即做正教授。饶毅认为这种做法难以用晋升督促青年教师，而且中国教授科学活跃期结束比较早。对这种现状，饶毅很着急：“我在国外求学期间的老师们，今天很多都在科研一线，而国内和我年资一样的多半在一线看不见。”
经过两次严格评审后才能晋升为正教授的人，会养成好习惯，以后也会珍重自己。“这对改变中国目前的浮躁，能起到清凉剂的作用。”2007年9月，饶毅到北大生科院后，新聘的起步课题负责人都只给英文职称“助理教授”，一直到做正教授后，才能英文和中文一样称为“正教授”。“这样做不仅是为了对学校负责，也是为了受聘人员自身。如果做得好，他们会成为真正与国际接轨的正教授。”饶毅说。
饶毅的做法也得到了学校的肯定和支持。从今年开始，北大全校新引进的教师都用这种体制。
为了检测体制的稳定性，饶毅出人意料决定卸任院长。“体制建设的成功，远比我个人长期任院长重要。”饶毅说，“一般人的做法是长期任领导以保证新体制的稳定，我想换一种方式：用卸任来检验新体制的稳定性。”
“‘尽其心，以事天’。我们的天是国家的发展，我们能做到的就是在力所能及范围内尽绵薄之力”，2013年饶毅以此卸任北京大学生命科学学院院长。
回顾自己任院长期间的探索，饶毅说：“我的原则是掌握权力时一定要公平，对自己，要自律；对他人，要有程序、公正地择优鼓励；国家交给的资源和权力本质上是国家的信任，得到信任者一定要为国家用好权力、分配好资源。如果我们不认真、怕得罪人，就对不起国家。”
实干者饶毅：做得比说得多
外界从媒体上了解的饶毅，常局限他对公共问题的发言。饶毅的教学工作量之大却鲜为外界所知。对研究，他认为“中国媒体和有些人对科学家的评语好像给小学生发奖状”。而饶毅用“好玩”形容自己的研究，透出科学的乐趣。
北大生科院学生非常欢迎饶毅带来的教学改革，特别是解放学生的“个性化教学”方案，学生获得前所未有的选课自主权。他被学生投票评为北京大学全校的“十佳教师”和生科院“十佳教师”。他主讲多门本科生和研究生课程，而且自编教材，其中以“生物学概念与途径”为代表的启发式教学令人耳目一新，他与学生一道读生物学经典原始论文，讨论科学思想、概念、方法的来源和演变，他的考试题让学生带回家做一到两周，检验的不是记忆力、而是思维和创造能力。
对于这位享有国际声誉的神经科学家，公众更熟悉的不是饶毅研究的领域，而是他大胆、犀利的言论。饶毅认为研究是“私事”，所以极少对媒体介绍自己的工作。不过，我们仍然可以看到“蛛丝马迹”。他在大学期间就综述英文文献，在美国加州大学念研究生时就在英国《自然》杂志发表了第一篇研究论文，用分子生物学和遗传学研究神经发育，发现一个基因调节神经母细胞和表皮母细胞之间的开关。1997年，他在华盛顿大学领导的实验室发现脊椎动物胚胎的两只眼睛来源于同一个前体区域，提出“眼形态发生场”的概念，后被证明在脊椎类动物普遍存在。1999年，他的实验室在《细胞》杂志发表论文，发现神经纤维的排斥性导向分子。其后他们获得更多证据提出体细胞迁移的共同分子机理，对基础理论有贡献，并提示有潜在应用价值的新方法。
在研究神经发育20多年后，饶毅转而研究行为和认知的分子与细胞基础。他在北京的实验室相继发现影响动物争斗的基因和控制动物性偏好的基因。“我们还有很多有趣的工作，以前一般研究动物，现在有些完全是用人做研究。”饶毅微笑道，“很好玩，等着瞧。”
在校外，饶毅继续“我行我素”，希望改变科教界的文化习俗。今年5月29日和30日，饶毅作为评委参加了教育部“2011计划”地区类的评审答辩会。随后他在博客上公布自己在会上的提问，如：“身为校长的您不仅自己做主任、请的首席科学家里面有个老院士也与您一样是西医手外科专业，而您主持的项目是慢性病的中医处理手段，您二位专长应该算西医急性病，领衔和参与中医和慢性病是否合适？”
他的博客文章获得了逾1.6万人次的点击率。“这是在现有体制的情况下对文化习俗改变的尝试。”饶毅说。
饶毅写博客多年，他的批评性文章曾引起轩然大波。但他的批评有高度选择性：“应该改、能改的，我才批评。能做的，我直接做了，不谈。我不知道如何改的，即使有问题，我也不批评。”
全国政协副主席、曾任北大常务副校长的韩启德先生评价：“饶毅的说就是做。”北大生科院教授邓宏魁公开称“饶毅说得多做得也多”。
饶毅做事在乎持久，“昙花一现的事情，我没有兴趣”。
早在2000年，饶毅为了改变中国生命科学研究生教学落后的状况，提议、推动、创办了生命科学领域基础性的研究生课程，该课程由饶毅邀请的20多位海内外优秀华人生物学家主讲。14年后这门课仍然在其他人主持下继续。在更早的1998年，饶毅在北京发起了分子和细胞神经生物学会议，后移香港迄今已16年。饶毅参与的几个机构，今天都根深叶茂。
谈及为何这些项目都能长期存在，饶毅认为是设计合理、考虑长远意义。
与饶毅同期回国的施一公教授，曾专门撰文写自己眼中的饶毅：忧国忧民的科学大家，光明磊落的正人君子，犀利耿直的现代鲁迅，我行我素的半老顽童，注定将留下重要影响。
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